Pengurus Desantara Foundation saat ini sebagai direktur eksekutif : M. Nurkhoiron, Office Manager; Moh Nurul Huda, Program officer; Ari Ujianto and Ingwuri Handayani, Sekretaris; Noviyana, Keuangan; Darningsih, beberapa  staf dan sukarelawan.

Dewan pembina: Ahmad Suaedy, Hikmat Budiman, Bisry Effendy and Endang Widyawati.

Muhammad Nurkhoiron

Muhammad Nurkhoiron, Direktur Eksekutif Desantara. Lahir di Malang, 15 Januari 1974.  Lulus di jurusan sosiologi tahun 1999, setahun kemudian meneruskan di jurusan sosiologi paska sarjana Universitas Indonesia. Pernah bekerja di interseksi, sebagai direktur program (2004-2006),  dan masih tercatat sebagai salah satu peneliti interseksi. Minatnya pada bidang sosiologi, dan menyukai isu-isu identitas, agama dan kebudayaan. Selain sehari-hari di kantor Desantara Foundation, juga tercatat sebagai tenaga pengajar Universitas Paramadina. Hobby; Membaca, mendengar musik, dan kadang-kadang jika ada waktu senggang ngajak berenang anak kesayangannya: Kahlil Mawardi Savana (5 tahun). kontak surat elektronik: khoiron at desantara.org

Noviyana

Novi adalah panggilan akrab dari Noviyana, perempuan yang lahir 15 November 1981 di daerah Timur Jakarta. Pendidikan terakhirnya adalah S1 Manajemen Dakwah, Fakultas Dakwah & Komunikasi, IAIN Syahid Jakarta. Pernah bekerja sebagai Sekretaris Kantor ICRP (Indonesian Conference on Religion and Peace), Majalah Syirah dan sudah hampir 6 tahun ini bekerja di Yayasan Desantara. surat elektronik: noviyana at desantara.org

Darningsih

Ning, Denink itulah panggilan akrab yang ditujukan pada ibu beranak satu ini. Sebutan Ning biasanya merujuk pada orang-orang sudah lama kenal sama beliau, dan denink, yang mengacu pada alamat surat elektronik beliau, adalah julukan khusus yang dihadiahkan rekan kerja yang baru mengenalnya. Selain menjadi ibu rumah tangga di Cimanggis Depok, pemilik nama akte Darningsih ini bergabung Desantara Foundation sejak 2003 dan sekarang menjabat Koordinator Keuangan. Dengan senang hati dikontak melalui account ym dan e-mailnya di de_ninks at yahoo.com atau de_ninks at desantara.org

Ingwuri Handayani

Ingwuri Handayani, sewaktu mahasiswa pernah menjadi pemimpin umum surat kabar mahasiswa Amanat, IAIN Walisongo Semarang, menjadi ketua litbang pengkaderan majalah jurnal Justisia, pernah menjadi pengelola di web syirah.com. Saat ini sedang mengumpulkan kasus-kasus intoleransi dan diskriminasi kebebasan beragama dan berkeyakinan di daerah Bekasi, Bogor, Depok, di bawah payung jaringan kerja yang diinisiasi oleh enam lembaga: Desantara Foundation, Fahmina Institute, Jaringan Intelektual Muda Muhammadiyah, Gereja Kristen Pasundan, PBHI Jawa Barat, LBH Bandung. surat elektronik: ingwuri at desantara.org

Muhammad Kodim

Insan pecinta malam yang terlahir di kota Gresik, 22 September 1980. Pendidikan S1 di IAIN Sunan Ampel Surabaya, dan lulus dengan selamat. Saat mahasiswa, aktif di dunia jurnalistik: sebagai Pemimpin Redaksi Majalah EDUKASI Fak.Tarbiyah IAIN Surabaya, Sekjend Perhimpunan Pers Mahasiswa Indonesia (PPMI) Kota Surabaya, dan Dewan Etik Nasional (DEN) PPMI. Setelah lulus, pernah bekerja sebagai penulis skenario sinetron, jurnalis media online, dan sekarang sebagai staf Bidang Advokasi Agama dan Budaya Desantara. kontak surat elektronik: mkodim at desantara.org

Rustam Rasta

Rustam, Staf Perpustakaan Desantara, lahir di Demak 10 Mei 1985. Lulusan MTs / SMP Tlogerejo  2001, dan meneruskan di jurusan IPs SMA Manbaul Ulum Tlogerejo, Demak dan drop out pada kelas 2. Saat ini baru akan mengikuti Ujian SMU Paket C di bulan Juni 2008, di Tangerang.  Pernah bekerja di PKBI Menjabat Asisten Psikolog Andik, dan Koordinator sahabat Andik, ( 2005-2006 ). dan sekarang masih tercatat sebagai relawan sahabat Andik di PKBI.  Hobi : Membaca, mendengarkan musik, memasak,  tenis meja, lari pagi, dan jalan-jalan. surat elektronik: rustam at desantara.org